Plot:

Les fées vivent dans un endroit paisible de la forêt appelé FernGully, qui est protégé depuis de nombreuses années par Magi Lune (Grace Zabriskie), une fée sage dotée de puissants pouvoirs. Sa petite-fille Crysta (Samantha Mathis) est une charmante et belle fée qui est très intriguée par le monde extérieur à FernGully. Elle, comme les autres fées de la forêt, ne croit pas que les humains existent et ne sont présents que dans les histoires, jusqu'à ce qu'une chauve-souris folle du nom de Batty Koda (Robin Williams), vienne leur raconter toutes ces histoires folles sur la façon dont il a été capturé par les humains et sur lequel des expériences ont été menées. Au début, personne ne le croit sauf Crysta, et elle est déterminée à découvrir si les humains sont réels. Elle se rend à un endroit appelé Mount Warning, où l'ombre maléfique de la destruction, Hexxus (Tim Curry), est connue pour être piégée, et trouve un humain nommé Zak (Jonathan Ward). Lorsqu'il est presque écrasé par un arbre, Crysta le rétrécit accidentellement à la taille d'une fée et il tombe sur un arbre qui est sur le point d'être dévoré par "The Leveller". "The Leveller" est une machine à couper le bois qui a coupé tous les arbres sur lesquels les humains ont mis des X rouges. Crysta sauve Zak de "The Leveller", qu'elle pense être juste un monstre, mais elle ne peut pas le faire rétrécir correctement. Pour éviter qu'elle ne soit en colère contre lui, Zak lui dit que les X rouges retiennent le monstre, au lieu de ce qu'ils sont vraiment là, qui est de choisir les arbres à couper. Ils décident d'emmener Zak à Magi Lune, afin qu'elle puisse le faire rétrécir. Sur le chemin, Zak voit vraiment la forêt pour la première fois avec toute sa beauté et sa vie. De retour vers le Mont Warning, les humains ont accidentellement libéré Hexxus, qui est déterminé à détruire FernGully, il utilise "The Leveller" pour couper tous les arbres de FernGully. Lorsque Crysta, Zak et Batty Koda reviennent à FernGully, les fées n'arrivent pas à croire que Zak est vraiment un humain, et elles sont toutes excitées de le voir et d'en apprendre plus sur lui. La seule qui est vraiment inquiète est Magi Lune. Elle va vérifier le chemin vers FernGully et voit qu'il commence à être détruit et qu'Hexxus arrive par ici. Elle montre à Crysta les X rouges et lui dit que les arbres ne peuvent pas être sauvés. Alors qu'Hexxus se rapproche de plus en plus de FernGully, Magi Lune appelle toutes les fées pour les avertir du danger. Elle utilise le reste de sa magie pour essayer de protéger FernGully.